El Atlas Nacional de España está estructurado en 13 secciones divididas en 45 grupos temáticos, algunos de los cuales, a su vez, están subdivididos en dos o tres partes por la extensión del contenido.
Tomos y fascículos
La obra se presenta en 6 tomos, o en forma de fascículos independientes (48). El Índice Toponímico del mapa 1:500.000 está publicado como un tomo independiente. Las dimensiones del tomo y del fascículo son: 365 x 520 mm.
A partir de 2004 las nuevas ediciones de los grupos temáticos se publican en forma de libro electrónico (cd).
Monografías y compendios
Las monografías son publicaciones específicas sobre temáticas de relevante interés y que en la serie general del Atlas Nacional de España no han podido ser tratados con la profundidad requerida. Además, pueden reunir otra característica: la transversalidad.
El número de publicaciones está abierto en función de las necesidades y demandas de los usuarios. Se publican en papel y en forma de libro electrónico.
Los compendios son publicaciones que reúnen resúmenes de lo más sustancial de materias afines ya expuestas en los grupos del Atlas correspondiente.
Láminas y murales
Las láminas son reproducciones de mapas contenidos en los diferentes grupos del Atlas, que por su interés se publican independientemente y mantienen la escala original.
Los murales son reproducciones de mapas contenidos en los diferentes grupos del Atlas, que por su interés se publican independientemente y varían la escala original.
