La Dirección General de la Marina Mercante, bajo la superior dirección del Subsecretario del Departamento, ejerce las siguientes funciones, en los términos establecidos en la Ley 27/1992, de 24 de noviembre de Puertos del Estado y de la Marina Mercante:
Ordenación general de la navegación marítima y de la flota civil española.
Ordenación y ejecución de las inspecciones y controles técnicos, radioeléctricos, de seguridad y prevención de la contaminación.
Otorgamiento de concesiones y autorizaciones de servicios de navegación marítima y funciones relacionadas con el régimen tarifario.
La Dirección General de la Marina Mercante se estructura en las siguientes unidades administrativas, con nivel orgánico de Subdirección General:

Como órganos periféricos se configuran las Capitanías Marítimas dependientes de la Dirección General de la Marina Mercante.