A-009/1999. Accidente ocurrido el día 25 de febrero de 1999 a la aeronave Bell B-206-L3, matrícula EC-GEA, cerca de la costa de la isla de Ibiza (Baleares).
A-026/1999. Accidente ocurrido el día 6 de junio de 1999, a la aeronave CESSNA 152, matrícula EC-GED, en el término municipal de Mas de Barberans (Tarragona)
A-035/1999. Accidente ocurrido el día 14 de julio de 1999 a la aeronave Aero Vodochody L-29 «Delfín», matrícula ES-YLW, cerca del monte Sayoa, término de Baztán-Eugui (Navarra).
A-040/1999. Accidente ocurrido el día 26 de Julio de 1999 a la aeronave Agusta A-109-E, matrícula EC-GQX, en el término municipal de Villarejo de Salvanés (Madrid).
A-059/1999. Accidente ocurrido el 25 de septiembre de 1999 a la aeronave Hispano Aviación HA-1112 M1L «Buchón», matrícula G-BOML, en el Aeropuerto de Sabadell (Barcelona).
A-063/1999. Accidente ocurrido el 31 de octubre de 1999 a la aeronave CESSNA 401B, matrícula EC-DEQ, en las proximidades del Aeropuerto de Madrid-Cuatro Vientos.
A-068/1999. Accidente ocurrido el día 7 de noviembre de 1999 a la aeronave Fokker F28 MK-100, matrícula I-ALPL, en el Aeropuerto de Barcelona (Barcelona).